Durante sus estudios de maestría, el estudiante podrá realizar estancias de investigación en cualquiera de las sedes de CIMAT, así como en alguna insttitución de prestigio, nacional o internacional. Actualmente se cuenta con importantes colaboraciones nacionales e internacionales, incluyendo por nombrar algunas, a CINVESTAV (Zacatenco, Saltillo y Guadalajara), INAOE en Puebla, CICESE en Ensenada, CITEDI-IPN en Tijuana, Universidad de Guanajuato, Universidad Autónoma de Aguascalientes, Université de Technologie de Compiégne en Francia, Universidad de Rutgers en Nueva Jersey, Universidad de Oulu en Finlandia, además de numerosas instituciones de educación superior en Zacatecas.

Para que un estudiante pueda llevar a cabo una estancia académica en una institución de prestigio externa a CIMAT:

1. El estudiante deberá presentar un plan de trabajo detallado al CAP con visto bueno del  asesor, previo a la estancia.
2. Al terminar la estancia, el estudiante entregará un reporte final que será evaluado por su asesor y cuya calificación será considerada en la calificación de un seminario de tesis, avalado por el investigador anfitrión, con sello de la institución o empresa receptora. 
3. Se podrán validar cursos en instituciones externas a CIMAT como créditos válidos de materias optativas para la maestría. La pertinencia y equivalencia con alguno de los cursos del plan de estudios deberá ser aprobada por el CAP.